En 1228 la Commune de Prato donna aux Frères Mineurs un terrain sur lequel furent élevés une petite église et le couvent, à droite de l'édifice actuel, construit à partir de 1281, construit presque complètement en cotto, matériau utilisé pour le flanc scandé par des parastates et pour le revêtement de la façade. Celle-ci se distingue aussi pour les bandes de liais et de serpentine (marbre vert de Prato), avec des éléments stylistiques romano-gothiques et puis des éléments Renaissance comme le panneau de l'œil et le grand tympan triangulaire, avec un relief en stuc de Andrea della Robbia : les Stigmates de Saint François.
À l’intérieur, la longue et vaste nef qui se prolonge dans le chœur, a une couverture à chevrons de bois et elle a subi une rénovation néomédiévale en 1902-1904. Sur le maître-autel, il y a un Crucifix du XIVe siècle, offert par le marchand Francesco Datini, dont la sépulture se trouve justement dans cet espace, comme le rappelle la dalle tombale en marbre blanc, réalisée en 1411-12 par Niccolò di Pietro Lamberti, sculpteur et architecte florentin, qui représente Datini à l’intérieur d’un tabernacle gothique. Ensuite, on trouve une belle chaire du XVe siècle en “pietra serena” dans laquelle se trouve un tableau avec le Monogramme du Christ, et le raffiné monument sépulcral de Geminiano Inghirami (1460 environ) en marbre.
À partir de l'édifice à droite de l'église, on accède au cloître, un des premiers exemples de l'architecture Renaissance sur le territoire de Prato, composé d’armoiries et de pierres tombales, ainsi que de quelques fresques.
Sur le côté est, s'ouvre la Chapelle Migliorati ou du Chapitre, du XIVe siècle, avec les murs peints à fresques par Niccolò Gerini (1368-1415) probablement au début du XVe siècle, voulues par la famille Migliorati, avec des Histoires de Saint Mathieu l'Apôtre, Saint Antoine Abbé et une Crucifixion, malheureusement endommagée, et les imposantes figures des Évangélistes aux quatre coins de la voûte. Il s’agit d’une salle presque carrée, avec une voûte croisée avec des côtes, aménagée sur les piliers d’angle, où on édifia en 1801 le campanile-tour, cause de la destruction de nombreuses décorations murales.
Sur le côté sud du cloître, se trouve l'entrée du couvent qui, bien que restructuré, conserve au premier étage quelques belles salles du début du XIVe siècle.
